盡管粉絲們普遍對原版的《質(zhì)量效應(yīng)3》結(jié)局不滿，BioWare還是堅(jiān)持不去改變結(jié)局，而僅僅是通過擴(kuò)展剪輯DLC對原結(jié)局進(jìn)行“擴(kuò)展和澄清”。

不過在擴(kuò)展剪輯版發(fā)布之后，原版故事確實(shí)有了或多或少的改變，下面就是其中4個大的方面：

*質(zhì)量效應(yīng)中繼器被摧毀了……不，等等，是“損壞”了。

原版結(jié)局中最具爭議的一個方面是在“擎天爐”的沖擊下，質(zhì)量效應(yīng)中繼器被摧毀了。普洛仙留下來的一系列知識說明了這樣的爆炸效果相當(dāng)巨大，不僅會摧毀所有鄰近的生命，也會導(dǎo)致所有外星種族被困在太陽系中，缺乏食物而滅絕。

這個情節(jié)上的空洞，BioWare的擴(kuò)展版中是怎么解決的——現(xiàn)在它們僅僅是“損壞”了，而且在“控制結(jié)局”（Control ending）中，收割者甚至重建了質(zhì)量中繼器。這樣來了個180度的轉(zhuǎn)變，不過說實(shí)話，這確實(shí)是必要的。

*歡迎來到叢林?，F(xiàn)在，我們走吧……

在另一個結(jié)局動畫中，摧毀質(zhì)量中繼器后，Joker和諾曼底號幸存者一同墜毀在一個遠(yuǎn)離銀河系的叢林星球上。根據(jù)原版結(jié)局，諾曼底號已經(jīng)墜毀，進(jìn)行遠(yuǎn)距離躍遷的中繼器又完蛋了，因此莉亞拉和她的朋友們注定要在這個星球上做一輩子的野人了。

在擴(kuò)展版中，BioWare增加了一個諾曼底號再次升空的過場。